ムナイドラ遺跡もまたマルタの古代文明を代表する遺跡のひとつで、マルタ島南西海を望む岩壁沿いに建っている。ハジャー・イームから500メートルほどしか離れていない。三つの神殿からなり、それぞれ、紀元前3600年頃、3600年-3000年頃、3000年頃-2500年頃と、建造と使用された年代が異なるとみられている。ハジャー・イームに比べて、使われている石の大きさは比較的小さい。ハジャー・イームの正面部分のゲートの石組みがほぼオリジナルのままであるのに対して、こちらはかなり修復されており、さらに2001年、海外から訪れた数人の者によって破壊されている。