ムナイドラ遺跡のそれぞれの神殿は、マルタの古代遺跡特有のクローバーの葉型の形状をしている。東端の小さな神殿（地図A）が最古のもので、さらに中央、南と、新たな神殿が作り足されていった。それぞれの神殿は独立していて、つなぐ通路はない。マルタの神殿にはかつて天井がついていたはずだが、現在残っているものはない。天井の基底部分だけがわずかに残っているが、様式がわかるほの痕跡は無く、論議の的になっている。